员工窃取公司客户资源是一件非常严重的违法行为，会对企业造成严重的损失，因此，企业打击这一行为刻不容缓。那么，企业在发现员工窃取公司客户资源时，该如何做?

首先，员工窃取公司客户资源违法，需要向公安机关相应的部门举报。举报后，公安机关会根据案件的客观事实不容置疑，依法快速作出采取惩戒措施。但如果把公司客户资源卖给第三方公司或者开了一家一样的公司，就要依照反恐怖主义法律，给以较重的处罚与惩罚，包括追究法律责任等。

其次，对于员工窃取公司客户资源，企业需要及时起诉并向有关部门举报，根据民法及劳动法完全可以实行起诉措施。同时，企业也可以索赔判决书。如果员工真的窃取了公司客户资源，可以由企业凭借判决书将其追责，偿还企业造成的经济损失。

最后，企业应先调查清楚员工窃取公司客户资源的各个情况，并以案例对照反击员工。如果情况严重，则企业可以将证据列入员工的人事档案中，并视情况给予处罚。

总而言之，企业发现员工窃取公司客户资源时，需要及时采取应对措施，向公安机关和有关部门举报，甚至索赔判决书，并将证据列入员工的人事档案中，较好地解决这一问题。